در کل، استفاده از اتوکلاو نیازمند دانش و آگاهی کافی در زمینه عملکرد دستگاه و رعایت شرایط بهداشتی و ایمنی است، بنابراین بهتر است پیش از استفاده از دستگاه، آموزش‌های لازم را دریافت کنید.

به صورت کلی پاتوژن های رشد کرده، سلول های انسانی، حیوانی و گیاهی، مواد آلوده شده به مدفوع انسان و حیوان، محصولات خونی انسان و حیوان و… را می توان اتوکلاو کرد. مواد عفونی باید جمع آوری شده و اتوکلاو شود. توجه کنید که مایعات عفونی را هم حتما باید اتوکلاو کرد و بعد در سیستم فاضلاب ریخت.

 نکته ی مهمی که در هنگام کار با دستگاه اتوکلاو باید رعایت کرد این است که قبل از خشک شدن مواد نباید آن ها را از دستگاه خارج کرد. کافی بودن مقدار آب در دستگاه بسیار مهم است. اتوکلاو اندازه های مختلفی دارد. کوچکترین اندازه ی آن رومیزی و بزرگترین آن، دستگاه پیچیده ای است و برای بهره برداری از آن نیاز به مراحل پیش از نصب داریم.

همچنین بیشتر از سه چهارم دستگاه نباید پر شود. مواد نوک تیز نباید درداخل کیسه اتوکلاو قرار بگیرد. برای این کار از ظروف مخصوص زباله های نوک تیز استفاده کنید. تا به عنوان زباله های تیز و برنده دفع شود. کیسه ها برای استریل شدن در اتوکلاو حتما به صورت شل و آزاد بسته بندی شوند تا جریان بخار آب آزادانه در آن جریان داشته باشد. ظروف شیشه ای هم باید روی کناره ی خود قرار داشته باشند تا هوا به راحتی در آن ها رد و بدل شود. توجه کنید که بخار توانایی نفوذ در چربی ها را ندارد به همین دلیل وسایل چرب را از یک طریق دیگر استریل کنید. اگر دستگاه رسوب تشکیل داد حتما از آب مقطر استفاده کنید. اگر ظروف مایع دارید، یک سوم آن را پر کنید و بقیه را خالی بگذارید.

اتوکلاو را حتما در داخل آزمایشگاه نگهداری کنید. اگر خارج از محیط نگهداری می کنید، حتما وسایل را در ظرف ضد نشست و قابل استریل کردن بگذارید. این دستگاه در دماهای بالا نتیجه ی مطلوبی نمی دهد بنابراین ازدما و زمانی که در دستورالعمل های هر کدام آمده، استفاده کنید. حداقل زمان لازم برای اتوکلاو کردن 30-45 دقیقه است. مثلا برای استریلیزسیون محلول ها و ویال های کار با دقیقه و دمای 121 درجه است. اما مواد عفونی خطرناک تر مثل محیط کشت تلقیح و نمونه های عفونی باید 1 ساعت اتوکلاو شوند.

بعد از تمام شدن زمان استریل کردن نمونه ها، اول دستگاه را خاموش کنید و دریچه ی خروج بخار را باز کنید تا فشار داخل دستگاه به صفر برسد. حتما به یاد داشته باشید که هیچگاه قبل از اینکه حرارت و فشار اتوکلاو به حال عادی برنگشته درب آن را باز نکنید. وقتی دریچه ی خروجی را باز می کنید، صورتتان را از آن دور نگهدارید تا دچار سوختگی نشوید.

مایعات عفونی را در داخل فاضلاب می ریزند. اما آگار آب شده در اثر اتوکلاو را نباید در فاضلاب ریخت. صبر کنید سرد شود سپس به عنوان زباله جامد آن را دفع کنید.